Een belangrijk uitgangspunt van het Havendecreet is het streven naar een voldoende ruime autonomie die aan de havenbedrijven toelaat een eigen bedrijfsstrategie te ontwikkelen en zich te organiseren op een bedrijfseconomische basis.

Deze “autonomie” kan op twee manieren worden geïnterpreteerd:

1. autonomie tegenover de lokale gemeentelijke of stedelijke autoriteit en
2. autonomie van het havenbedrijf tegenover het Vlaamse gewest in de zin van een duidelijke bevoegdheidsafbakening tussen beide instanties.

De autonomie die bedoeld wordt in het Havendecreet dekt beide begrippen.

De autonomie is nauw gerelateerd aan twee andere principes, nl.

1. de verplichting voor elk havenbedrijf om een afzonderlijke rechtspersoonlijkheid te verwerven en
2. autonomie op het vlak van personeelsbeleid.